一种鉴定棉花矮生自封顶性状的分子标记组合及其应用和方法

专利名称：一种鉴定棉花矮生自封顶性状的分子标记组合及其应用和方法

专利类型：发明专利

专利申请号：CN202211686998.6

专利申请（专利权）人：石河子大学
权利人地址：新疆维吾尔自治区石河子市北四路

专利发明（设计）人：薛飞,孙杰,李婧慧,邵冬南,王建行,张翼

专利摘要：本发明提供了一种鉴定棉花矮生自封顶性状的分子标记组合及其应用和方法，属于分子生物学技术领域。所述SNP分子标记组合为SNPIDNo.1和SNPIDNo.2；所述InDel分子标记组合为InDelIDNo.1和InDelIDNo.2；所述SNPIDNo.1位于海岛棉D03染色体上第49155705位，碱基为T；所述SNPIDNo.2位于海岛棉D03染色体上第49242336，碱基为A；所述InDelIDNo.1位于海岛棉D03染色体上第49014595位，碱基为C；所述InDelIDNo.2位于海岛棉D03染色体上第49354509位，碱基为A。采用本发明提供的分子标记组合能够鉴定棉花矮生自封顶性状，以提供一种新的与棉花矮生自封顶性状紧密连锁的SNP和InDel分子标记，为棉花矮生自封顶性状的鉴定和分子辅助选择提供一种新的方法。

主权利要求：
1.分子标记组合在鉴定棉花矮生自封顶性状中的应用，其特征在于，所述分子标记组合由SNP分子标记组合和InDel分子标记组合组成，所述SNP分子标记组合为SNPIDNo.1和SNPIDNo.2；所述InDel分子标记组合为InDelIDNo.1和InDelIDNo.2；
所述SNPIDNo.1为SEQIDNO.9所示核苷酸序列的第132位碱基C替换为碱基T；
所述SNPIDNo.2为SEQIDNO.10所示核苷酸序列的第226位碱基G替换为碱基A；
所述InDelIDNo.1为SEQIDNO.11所示核苷酸序列缺失第74位 第86位碱基~AGCACTTTTTAAA；
所述InDelIDNo.2为SEQIDNO.12所示核苷酸序列缺失第132位碱基T。
2.如权利要求1中所述的分子标记组合在棉花矮生自封顶品种的分子辅助育种中的应用，其特征在于，当所述SNPIDNo.1为SEQIDNO.9所示核苷酸序列的第132位碱基C替换为碱基T，所述SNPIDNo.2为SEQIDNO.10所示核苷酸序列的第226位碱基G替换为碱基A，所述InDelID No.1为SEQIDNO.11所示核苷酸序列缺失第74位 第86位碱基~AGCACTTTTTAAA且所述InDelIDNo.2为SEQIDNO.12所示核苷酸序列缺失第132位碱基T时，待检测棉花具有棉花矮生自封顶性状。
3.一种利用权利要求1中所述分子标记组合鉴定棉花矮生自封顶性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：
1）以待检测棉花DNA为模板，经特异性扩增引物进行PCR扩增，得到扩增产物；
2）对所述步骤1）得到的扩增产物进行基因分型，当扩增产物具有SNPIDNo.1、SNPIDNo.2、InDelIDNo.1和InDelIDNo.2时，待检测棉花具有棉花矮生自封顶性状；
所述特异性扩增引物包括：SNPIDNo.1的上游引物、SNPIDNo.1的下游引物、SNPIDNo.2的上游引物、SNPIDNo.2的下游引物、InDelIDNo.1的上游引物、InDelIDNo.1的下游引物、InDelIDNo.2的上游引物和InDelIDNo.2的下游引物；
所述SNPIDNo.1的上游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示；所述SNPIDNo.1的下游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示；所述SNPIDNo.2的上游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.3所示；所述SNPIDNo.2的下游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.4所示；所述InDelIDNo.1的上游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.5所示；所述InDelIDNo.1的下游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.6所示；所述InDelIDNo.2的上游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.7所示，所述InDelIDNo.2的下游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.8所示。
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述步骤1）PCR扩增的体系每20μl包括：2μl浓度为50 300ng/μL的基因组DNA、特异性扩增引物正反向浓度为10μM引物各为1μl、10×~PCRBuffer2μl、2.5mMdNTP1.6μl、TaqDNAPolymerase0.2μl和ddH2O12.2μl。
5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述步骤1）PCR扩增的程序包括：94℃
3min；94℃30s，60℃30s，72℃30s，32个循环；72℃10min。 说明书 : 一种鉴定棉花矮生自封顶性状的分子标记组合及其应用和
方法技术领域[0001] 本发明涉及分子生物学技术领域，尤其涉及一种鉴定棉花矮生自封顶性状的分子标记组合及其应用和方法。背景技术[0002] 株型是作物为适应环境而表现的形态结构，直接决定作物的产量与品质。株高是株型的主要构成性状，合适的株高能提高作物的抗倒伏能力，是作物获得高产、稳产的必要前提。20世纪60年代以来小麦、水稻的“绿色革命”是作物育种最伟大的成果之一，培育的矮杆品种在世界各地广泛种植，使产量增加了近一倍，这都归因于矮杆资源的充分利用。棉花是重要的经济作物和纺织原料来源，具有无限生长特性，在其整个生育期内需要通过打顶(摘掉顶芽)、以及多次施用缩节胺等植物生长调节剂，以达到控制棉花营养生长，缩短节间、紧凑株型的目的。因此培育具有矮生自封顶性状的棉花株型不仅有助于机械化采摘，促进棉花增产，而且可以节省大量的劳动力成本。[0003] 与传统育种手段相比，分子标记技术能够不受环境因素影响且能快速、准确跟踪目标基因。将分子标记技术与传统育种技术相结合，可在早期对植株进行基因型的鉴定，提高育种效率，缩短育种周期。SNP(singlenucleotidepolymorphism)是DNA单个核苷酸的变异，主要形式有转换和颠换，是最小的遗传变异单元。原理是利用染色体上某个位点单个核苷酸的变化，通过对不同个体间遗传物质的差异进行检测分析，从而达到区分品种的目的。SNP分子标记数量众多，在全基因组均有分布，数据统计简单效率高，易实现高通量表达，自动化程度高等诸多优点，在众多领域表现出十分广阔的应用前景。BSA分析(bulkedsegregantanalysis)主要是选择双亲群体分离后代中具有极端表型的个体进行混样，通过比较不同极端混样池之间的多态性并结合表型进行目标基因定位的方法。随着分子育种技术的不断发展，BSA技术不仅可以应用在双亲群体的基因定位中，也可以在多亲群体、自然群体或者一些特殊组配的群体中应用。[0004] 根据已有的研究报道，棉花矮化相关种质资源非常有限，到目前为止仅有个别矮秆基因被定位，并鲜有涉及相关功能验证。季高翔(2018)通过BSA测序的将控制AS98矮化性状的基因定位与棉花D12染色体54Mb‑55Mb区间，通过对候选区间进行SV(StructureVariation)检测，发现突变体野生型之间存在一个14K大片段的拷贝数变异(CopyNumberVariation，CNV)，结构变异中间包含一个EXTR‑DWARF基因，通过表达量分析及VIGS实验，证实了EXTR‑DWARF就是引起AS98极端矮化的目的基因。筛选与棉花矮生自封顶性状紧密连锁的SNP位点可为基因图位克隆、探究棉花矮生自封顶形成机制提供参考。同时为棉花矮杆自封顶株型育种提供实用的分子标记和基因资源。发明内容[0005] 有鉴于此，本发明的目的在于提供一种鉴定棉花矮生自封顶性状的分子标记组合及其应用和方法，采用本发明提供的分子标记组合能够鉴定棉花矮生自封顶性状，以提供一种新的与棉花矮生自封顶性状紧密连锁的SNP分子标记，为棉花矮生自封顶性状的鉴定和分子辅助选择提供一种新的方法。[0006] 为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：[0007] 本发明提供了一种鉴定棉花矮生自封顶性状的分子标记组合，所述SNP分子标记组合为SNPIDNo.1和SNPIDNo.2；所述InDel分子标记组合为InDelIDNo.1和InDelIDNo.2；[0008] 所述SNPIDNo.1位于海岛棉D03染色体上第49155705位，碱基为T；[0009] 所述SNPIDNo.2位于海岛棉D03染色体上第49242336，碱基为A；[0010] 所述InDelIDNo.1位于海岛棉D03染色体上第49014595位，碱基为C；[0011] 所述InDelIDNo.2位于海岛棉D03染色体上第49354509位，碱基为A。[0012] 本发明还提供了上述技术方案所述的分子标记组合在鉴定花矮生自封顶性状中的应用。[0013] 本发明还提供了上述技术方案所述的分子标记组合在棉花矮生自封顶品种的分子辅助育种中的应用。[0014] 本发明还提供了一种上述技术方案所述的分子标记组合的引物组合，所述SNPIDNo.1的上游引物的核苷酸序列如SEQIDNo.1所示，下游引物的核苷酸序列如SEQIDNo.2所示；[0015] 所述SNPIDNo.2的上游引物的核苷酸序列如SEQIDNo.3所示，下游引物的核苷酸序列如SEQIDNo.4所示；[0016] 所述InDelIDNo.1的上游引物的核苷酸序列如SEQIDNo.5所示，下游引物的核苷酸序列如SEQIDNo.6所示；[0017] 所述InDelIDNo.2的上游引物的核苷酸序列如SEQIDNo.7所示，下游引物的核苷酸序列如SEQIDNo.8所示。[0018] 本发明还提供了上述技术方案所述的引物组合在鉴定棉花矮生自封顶性状中的应用。[0019] 本发明还提供了上述技术方案所述的引物组合在鉴定棉花矮生自封顶品种的分子辅助育种中的应用。[0020] 本发明还提供了一种鉴定棉花矮生自封顶性状的试剂盒，包括上述技术方案所述的引物组合。[0021] 本发明还提供了一种鉴定棉花矮生自封顶性状的的方法，包括以下步骤：[0022] 1)以待检测棉花DNA为模板，经上述技术方案所述的引物组合进行PCR扩增，得到扩增产物；[0023] 2)对所述步骤1)得到的扩增产物进行基因分型，当SNPIDNo.1在海岛棉D03染色体上第49155705位的碱基为T和SNPIDNo.2在海岛棉D03染色体上第49242336位的碱基为A时，待检测棉花为棉花矮生自封顶性状；或当InDelIDNo.1位于海岛棉D03染色体上第49014595位的碱基为C和InDelIDNo.2位于海岛棉D03染色体上第49354509位的碱基为A时，待检测棉花为棉花矮生自封顶性状。[0024] 优选的，所述步骤1)PCR扩增的体系每20μl包括包括：2μl浓度为50～300ng/μL的基因组DNA、特异性扩增引物正反向浓度为10μM引物各为1μl、10×PCRBuffer2μl、2.5mMdNTP1.6μl、TaqDNAPolymerase0.2μl和ddH2O12.2μl。[0025] 优选的，所述步骤1)PCR扩增的程序包括：94℃3min；94℃30s，60℃30s，72℃30s，32个循环；72℃10min。[0026] 本发明的有益效果为：[0027] 1、本发明直接以DNA的形式表现，可在棉花的各个发育阶段以及不同的组织器官中检测，且不受环境和季节的限制，不存在表达与否等问题影响。该标记可用于棉花矮生自封顶性状的鉴定和棉花矮生自封顶性状的分子标记辅助选择育种。[0028] 2、本发明的与棉花矮生自封顶性状紧密连锁的SNP和InDel分子标记，还可以用于棉花矮生自封顶性状基因的图位克隆，为解析棉花自封顶形成的分子机理奠定基础。[0029] 3、通过提取棉花叶片DNA，使用本发明提供的引物组合进行PCR扩增，扩增产物测序后分型，对检测的不同单株进行基因分型，从而准确高效的区分不同基因型对应的表型性状，达到分子标记辅助育种的目的。具体实施方式[0030] 本发明提供了一种鉴定棉花矮生自封顶性状的分子标记组合，所述SNP分子标记组合为SNPIDNo.1和SNPIDNo.2；所述InDel分子标记组合为InDelIDNo.1和InDelIDNo.2；所述SNPIDNo.1位于海岛棉D03染色体上第49155705位，碱基为T；所述SNPIDNo.2位于海岛棉D03染色体上第49242336，碱基为A；所述InDelIDNo.1位于海岛棉D03染色体上第49014595位，碱基为C；所述InDelIDNo.2位于海岛棉D03染色体上第49354509位，碱基为A。在本发明中，所述SNP分子标记SNP位点位于海岛棉D03：49155705bp和49242336bp之间，对应的物理距离为86.6Kb；所述InDel分子标记InDel位点位于海岛棉D03：49014595bp和49354509bp之间，对应的物理距离为339.9Kb。[0031] 本发明还提供了上述技术方案所述的分子标记组合在鉴定花矮生自封顶性状中的应用。[0032] 本发明还提供了上述技术方案所述的分子标记组合在棉花矮生自封顶品种的分子辅助育种中的应用。[0033] 本发明还提供了一种上述技术方案所述的SNP分子标记组合的引物组合，所述SNPIDNo.1的上游引物的核苷酸序列如SEQIDNo.1所示，下游引物的核苷酸序列如SEQIDNo.2所示，具体如下：[0034] SEQIDNo.1：ACAGCCTAATTTTTAGTGGTGTCGAA；[0035] SEQIDNo.2：TGGCTTGGTTTATGAGTTCGATGT；[0036] 所述SNPIDNo.2的上游引物的核苷酸序列如SEQIDNo.3所示，下游引物的核苷酸序列如SEQIDNo.4所示，具体如下：[0037] SEQIDNo.3：ACACCCGTGAGGCCACC；[0038] SEQIDNo.4：TGGTGCTTTTTATCGCGAATCAGG。[0039] 本发明还提供了一种上述技术方案所述的InDel分子标记组合的引物组合，所述InDelIDNo.1的上游引物的核苷酸序列如SEQIDNo.5所示，下游引物的核苷酸序列如SEQIDNo.6所示，具体如下：[0040] SEQIDNo.5：AAAAGCACTTTTTGACAGCAATGCTAC；[0041] SEQIDNo.6：AATTAGTTCCCTAGTGGAGGCGA；[0042] 所述InDelIDNo.2的上游引物的核苷酸序列如SEQIDNo.7所示，下游引物的核苷酸序列如SEQIDNo.8所示，具体如下：[0043] SEQIDNo.7：CTGCGCCGTATTGGCCC；[0044] SEQIDNo.8：AAAACTGAGGGACCTCAACAACA。[0045] 本发明还提供了上述技术方案所述的引物组合在鉴定棉花矮生自封顶性状中的应用。[0046] 本发明还提供了上述技术方案所述的引物组合在鉴定棉花矮生自封顶品种的分子辅助育种中的应用。[0047] 本发明还提供了一种鉴定棉花矮生自封顶性状的试剂盒，包括上述技术方案所述的引物组合。在本发明中，所述试剂盒中还优选包括：PCRMix(PCRBuffer、dNTP、TaqDNAPolymerase、MgCl2、LoadingBuffer等。[0048] 本发明还提供了一种鉴定棉花矮生自封顶性状的的方法，包括以下步骤：[0049] 1)以待检测棉花DNA为模板，经上述技术方案所述的引物组合进行PCR扩增，得到扩增产物；[0050] 2)对所述步骤1)得到的扩增产物进行基因分型，当SNPIDNo.1在海岛棉D03染色体上第49155705位的碱基为T和SNPIDNo.2在海岛棉D03染色体上第49242336位的碱基为A时，待检测棉花为棉花矮生自封顶性状；或当InDelIDNo.1位于海岛棉D03染色体上第49014595位的碱基为C和InDelIDNo.2位于海岛棉D03染色体上第49354509位的碱基为A时，待检测棉花为棉花矮生自封顶性状。[0051] 本发明以待检测棉花DNA为模板，经上述技术方案所述的引物组合进行PCR扩增，得到扩增产物。本发明对棉花的组织没有特殊限定，任何棉花组织即可。本发明对提取棉花DNA的方法没有特殊限定，本领域技术人员依据常规操作即可。在本发明中，所述PCR扩增的体系每20μl优选包括：2μl浓度为50～300ng/μL的基因组DNA、特异性扩增引物正反向浓度为10μM引物各为1μl、10×PCRBuffer2μl、2.5mMdNTP1.6μl、TaqDNAPolymerase0.2μl和ddH2O12.2μl。在本发明中，所述PCR扩增的程序优选包括：94℃3min；94℃30s，60℃30s，72℃30s，32个循环；72℃10min。[0052] 为了进一步说明本发明，下面结合实例对本发明进行详细地描述，但不能将它们理解为对本发明保护范围的限定。[0053] 实施例1[0054] 与棉花矮生自封顶性状紧密连锁分子标记的获得[0055] 1、材料[0056] 任意棉花野生型品种(系)和矮生自封顶突变体材料(也称之为棉花皱缩矮化突变体种质“NAM”，材料来源于文献Fangetal.FinemappingandcharacterizationoftheCrinkledDwarfgeneincotton.IndustrialCropsandProducts,2022.184:115034。文献链接：https://doi.org/10.1016/j.indcrop.2022.115034)进行杂交获得F1，自交获得F2，作为遗传群体进行研究。为控制田间试验的系统误差，所有材料均种植在同一地块，以保证环境条件一致。[0057] NAM突变体植株矮小，叶片较小，自第4‑5片真叶开始叶片出现皱缩表型，且随着植株的发育，叶片皱缩表型逐渐加重，茎的节间也变短。同时我们发现，该突变体在发育后期顶芽/顶端分生组织逐渐黄化、生长停止至自然坏死，植株实现自然封顶，停止无限生长。根据其典型特征，将该突变体也简称为矮生自封顶突变体SGCD(ShootapicalmeristemGrowthCeasesandandDwarf)。[0058] 2、F2群体的矮生自封顶性状调查[0059] 对F2群体的430个单株进行矮生自封顶性状调查，调查结果符合孟德尔分离定律，分离比为矮生自封顶1：野生型3，说明矮生自封顶性状是由一对隐性基因控制。[0060] 3、BSA高通量测序[0061] 基于以上遗传分析结果，在野生型×突变体的F2群体中，分别选择30株野生型极端单株和30株矮生自封顶突变体极端单株，构建两个DNA混合池，与两个亲本一起进行基因组重测序。利用BSA性状定位方法，利用BWA(Burrow‑WheelerAligner)软件的MEM算法与参考基因组进行比对，排除变异结果中的假阳性。随后利用GATK软件校正SNP与InDel错误标记，保证检测结果正确可靠。基于比对结果，筛选两个亲本间纯合差异的标记，共挑选出961185个变异位点，其中861609个为SNP，99576个为InDel。然后依据检测出的变异位点，计算混池样本的SNP‑index，并且计算两个极端性状混池的频率差值。初步将矮生自封顶位点定位在D03染色体的47.98‑50.91Mb区间。选取95％置信水平作为筛选的阈值，挑选两个子代在SNP‑index差异显著的SNP位点，即挑选子代2(极端性状B)SNP‑index接近1，且子代1(极端性状A)SNP‑index接近0的位点，提取候选区间内的变异信息，候选区间D03:47.98‑50.91Mb内共包含1,454个SNPs和381个InDels，其中nonsynonymousSNP、frameshiftInDel、nonframeshiftInDel、stopgainSNP/InDel、stoplossSNP/InDel以及splicing变异位点共有68个，影响的基因有29个，可作为候选基因的潜在突变位点。[0062] 使用Primer3软件(version2.5.0)设计各目标突变位点的扩增引物，设置的参数包括：(1)引物序列的长度在17‑32bp之间；(2)Tm值在60‑64℃之间，最优为62℃；(3)产物大小不超过500bp；(4)测序reads必须能够覆盖目标位点。对每个目标位点，设计多对引物，然后使用e‑PCR软件(version2.3.12)来检测每对引物的扩增特异性，即使用设计的引物序列在棉花参考基因组中进行引物序列比对，如若引物序列在参考基因组中与扩增位点两侧的序列特异性匹配，则认为该引物能够特异性扩增目标SNP位点，否则不能对目标位点进行特异性扩增。最终挑选一对能够特异扩增目标位点的引物。基于靶向测序技术鉴定SNP位点的基因型，对430个子代植株进行表型鉴定。结合单株表型及基因型，最终筛选到2个最紧密连锁的SNP分子标记和2个最紧密连锁的InDel分子标记，将控制矮生自封顶基因精细定位在D03染色体49155705bp和49242336bp两个SNP标记之间，49014595bp和49354509bp两个InDel标记之间，对应的物理距离分别为86.6Kb和339.9Kb。[0063] SNP和InDel标记引物信息如表1。[0064] 表1两个SNP标记和两个InDel引物信息[0065][0066] 实施例2[0067] 利用SNP、InDel分子标记检测棉花矮生自封顶性状的方法[0068] 基于测序技术的SNP、InDel分型[0069] 利用基于测序技术鉴定SNP基因型的方法，选取由实施例1提供的突变体做亲本构建的各类群体中的单株，验证上述筛选得到的2个SNP和2个InDel结果的准确性和可靠性。结合群体单株表型，发现位于海岛棉第D03号染色体上的2个SNP标记和2个InDel标记与棉花矮生自封顶性状紧密连锁或共分离(见下表2)。[0070] 表2SNP和InDel标记与棉花矮生自封顶性状紧密连锁或共分离结果[0071][0072] 所述SNP和InDel检测的步骤如下：[0073] (1)对检测棉花单株叶片组织进行DNA提取，无菌水溶解并稀释到50‑300ng/μl以上，总量大于2μg，用于PCR扩增。[0074] (2)使用上述SNP和InDel位点的特异性引物，分别使用特异性引物进行PCR扩增，引物序列如下表3。[0075] 表3引物序列[0076][0077] (3)PCR扩增体系：2μl浓度为50～300ng/μL的基因组DNA、特异性扩增引物正反向浓度为10μM引物各为1μl、10×PCRBuffer2μl、2.5mMdNTP1.6μl、TaqDNAPolymerase0.2μl和ddH2O12.2μl。[0078] (4)PCR扩增程序为：94℃3min；94℃30s，60℃30s，72℃30s，32个循环；72℃10min；4℃保存扩增产物。[0079] SNP分子标记SEQIDNo.1/2的PCR扩增产物核苷酸序列为(SEQIDNo.9)：[0080] >Gbar_D03Gbar_D03:49155574..49155782[0081] ACAGCCTAATTTTTAGTGGTGTCGAAAACAGTGATTCGAGATCACTAAATCTGACCAGTGAGTTTTAAATTTTAATAAATAAATACATATGAGTCAAGTATGATTATAGAAGAATTTTAGATTAGTGAATT[C/T]TGTGATTTAAAAAGAAAATAATAAGTAAATTGGGTCTAAAACGAGGTATTGAAACATCGAACTCATAAACCAAGCCA[0082] 其中，下划线标示为引物结合位置，方括号内为SNP变异位点和变异类型。[0083] SNP分子标记SEQIDNo.3/4的PCR扩增产物核苷酸序列为(SEQIDNo.10)：[0084] >Gbar_D03Gbar_D03:49242111..49242368[0085] ACACCCGTGAGGCCACCCGTGTGGTCATGAAACGACACTAAAACGGGCCGTAATTCATGCTTTTGTCGTCGAAATGATCCCCAACCCTTGGTAACCCAAAAATACACCATAATATACCGTATTCATACGATTTAATAGCGATACAACACATAAATTACTCAATTACCAAAACATACAAGAAGTTGTCGAATTCCGCAGCAATTCGACGTTGAGTTACACAGTTCA[G/A]AAAACACACCTGATTCGCGATAAAAAGCACCA[0086] 其中，下划线标示为引物结合位置，方括号内为SNP变异位点和变异类型。[0087] InDel分子标记SEQIDNo.5/6的PCR扩增产物核苷酸序列为(SEQIDNo.11)：[0088] >Gbar_D03Gbar_D03:49014523..49014702[0089] AAAAGCACTTTTTGACAGCAATGCTACAAACACTTAAATTTGTCAAAAGCATTTCTCAAAAGCACTTTTCCA[CAGCACTTTTTAAA/C]AGCACTTTTTAAAAGCATTGCCAAACTAGCCCTTAATATTTGTCAAAAACTTAATCATTAAATTCATCGTTTCGCCTCCACTAGGGAACTAATT[0090] 其中，下划线标示为引物结合位置，方括号内为InDel变异位点和变异类型。[0091] InDel分子标记SEQIDNo.7/8的PCR扩增产物核苷酸序列为(SEQIDNo.12)：[0092] >Gbar_D03Gbar_D03:49354379..49354639[0093] CTGCGCCGTATTGGCCCATACCCGATGACCCGGCCCAGAGGTGACTGTGACCCACGCGTTTTGGGTCCGATGGGATTTTTGCGCAATGAGCCCCTCTGCGTTTTGTGTTGTTTCAATTTTATTTTCATTA[AT/A]TTTTTTAATTTGCATTACACATTTGGTCTTGATTCCAAATGGATCCACGTTCAAACGGTATCGTTTCCCATGTTTGATTTTGAATATCTGGATTTATGTGTTTATTTGTTGTTGAGGTCCCTCAGTTTT[0094] 其中，下划线标示为引物结合位置，方括号内为InDel变异位点和变异类型。[0095] (5)SNP和InDel基因分型分析：[0096] 将上述扩增产物进行测序，判断目标位点的碱基类型，并根据下表判断待测棉花单株是否具有矮生自封顶表型。[0097] 表4待测棉花单株结果[0098][0099] 上述结果表明，本发明所述的2个SNP位点和2个InDel与棉花矮生自封顶性状紧密连锁，可作为与棉花矮生自封顶性状紧密连锁的分子标记，用于棉花矮生自封顶性状的鉴定。[0100] 由此可以得出，本发明所述SNP位点和InDel是通过BSA高通量技术和基于靶向测序技术筛选得到，利用上述2个SNP位点和2个InDel，可以快速有效的鉴定棉花矮生自封顶性状。[0101] 以上所述仅是本发明的优选实施方式，并非对本发明作任何形式上的限制。应当指出，对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以做出若干改进和润饰，这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。

专利地区：新疆

专利申请日期：2022-12-27

专利公开日期：2024-11-22

专利公告号：CN116240305B